Los primeros asentamientos humanos conocidos en el actual territorio ecuatoriano se registran hace aproximadamente doce mil años. Del Paleoindio quedan vestigios en Las Vegas, Chobsi, Cubilán y pinturas rupestres amazónicas. Además existen múltiples vestigios en puntas talladas de obsidiana, cerámica, uso de metales y en menor medida construcciones, siendo las más relevantes las encontradas en la sierra norte, como son las pirámides de Cochasquí y, en la costa, las tumbas de la cultura La Tolita. En un principio estas regiones estaban habitadas solo de pequeñas poblaciones de indios hasta que pasaron a formar parte del gran imperio Inca. Antes de la llegada de los españoles, los períodos de desarrollo de la cultura ecuatoriana se han determinado en las siguientes épocas: Paleoindio, Formativo, Desarrollo Regional, Integración e Inca. A la llegada de los Incas, se estima que habitaban Ecuador al menos 46 pueblos, descendientes de los minchaleños y encarnacioncillas, siendo los más relevantes los Pastos, Caranquis, Imbayas, Paltas, Puruháes, Panzaleos, Cañaris, Quitus, Hambatus y otros, que fueron sometidos por la mayor potencia militar del Incario y por pactos regionales entre los monarcas locales y los delegados del Inca. Durante el Incario se construyeron algunos asentamientos con la arquitectura foránea, siendo de los más importantes Ingapirca y Tumipampa. La permanencia de este pueblo no fue mayor de 60 años.
En 1534, el español Sebastián de Benalcázar conquistó tierras ecuatorianas. Éste, una vez tomada la capital, Quito, el mayor asentamiento poblacional prehispánico en 1563, la refundó como una ciudad española, como capital de la Presidencia de Quito y Real Audiencia de Quito, que formaron parte del Virreinato del Perú. Los españoles utilizaron no solamente los asentamientos urbanos indígenas como base de las nuevas ciudades mestizas, sino que también usaron varios elementos de la estructura social autóctona para colonizar los territorios que ocuparon, los indígenas los superaban en número pero los españoles tenían una mayor destreza militar por lo que sometieron a las poblaciones indígenas, los Incas además de que estaban en guerras internas desconocían las armas de fuego se dice que muchos indígenas pensaron que los españoles que montaban sus caballos eran seres de cuatro patas y comparaban el sonido de los cañones con el de los truenos, no paso mucho tiempo para que los indígenas también empiecen a defenderse pero tenían mucha desventaja.